基本的には消えません。

パスキーはブラウザのキャッシュ領域ではなく、OSの安全なセキュリティ領域（iCloudキーチェーンやGoogleパスワードマネージャーなど）に保存されているため、ブラウザの履歴を削除してもクリアされることはありません。